税務調査の結果、納税者が調査官の指摘事項に納得する場合と不服がある場合では、その後の対処の仕方が大きく違ってきます。

まず、納税者が調査官から 指摘事項について納得した場合には、修正申告書を提出することになります。修正申告書とは、過去に提出した申告書の税額に不足額があったとき、または欠損金や還付額を過大に申告してしまったときに修正をするための申告書です。この修正申告書を提出するということは、自ら修正に応じたことになりますので、もし後日に不服が出てきたとしても異議申立てを起こすことはできません。そのため、調査官はなるべく修正申告に応じるように勧めてきます。

一方、納税者が調査官の 指摘事項について納得できない場合や調査官が 悪質と判断した場合には、修正申告書を提出せずに、税務署が更正処分を行います。その際「更正通知書」というものが送られてきますが、その中には更正後の税額・加算税、更正の理由などが記載されています。

なお、青色申告では更正の理由なしに処分を下すことはできませんので、更正理由が妥当かどうか検討します。実務上は、専門的な用語や計算方法となりますので、税理士に相談することをお勧めします。また、個人の白色申告者に対する記帳義務・帳簿保存義務が平成26年1月から開始されたことに伴い、これらの方に対する処分についても理由附記が実施されています。